Euhm... je ne suis pas sûr mais je pense que cela n'a pas de réel incidence pour la transcription phonétique, c'est plus lors de l'analyse des phonèmes :
_ Si ils sont, suite à l'analyse, dit complémentaires (allophone) on les notes entre crochets
_ Si ils sont non complémentaires (phonèmes distants) ont les notes entre slashs
exemple bidon pour l'exemple :
[l] et [R] sont des allophones de /ʁ /
Bien que cela reste forcément à vérifier